Der Orden bestand aus drei Gruppen: den eigentlichen Rittern, die dem europäische Adel entstammten, den geistlichen Brüdern für den Kirchendienst und den dienenden Brüdern für die Krankenpflege. Entsprechend ihrer regionalen Herkunft waren die Ordensmitglieder in acht Zungen (langues) unterteilt, symbolisiert durch die acht Spitzen des Malteserkreuzes. Die Mitglieder jeder Zunge hatten ihre eigene Residenz (auberge). Die Vorsteher der Zungen bildeten den Rat der Sechzehn, das höchste Gremium des Ordens. An seiner Spitze stand der Großmeister, dem alle Mitglieder zu unbedingtem Gehorsam verpflichtet waren. Ferner gelobten die Ritter, in Keuschheit und Armut zu leben. Um Großmeister zu werden, mußte man drei Jahre auf einer Galeere, drei im Konvent und 13 als Vorstand einer Zunge gedient haben.

Auch als sich die Ritter nicht mehr gegen Angriffe der Türken verteidigen mußten, kämpften sie weiter gegen die »Ungläubigen«. Zu dieser hehren Aufgabe zählte nun auch die Plünderung ihrer Handelsschiffe, nicht zuletzt um die oft leeren Kassen zu füllen (die Befestigungsanlagen verschlangen Unsummen) aber auch um christliche Sklaven zu befreien.

Nach der französischen Invasion 1798 musste der Orden Malta verlassen. Er verlor sein Staatsgebiet, nicht jedoch seine Souveränität. Genau 200 Jahre später, im Jahre 1998, konnten die Ritter jedoch im Fort St. Angelo eine neue Residenz auf Malta beziehen. Heute genießt der (katholische) Malteser Hilfsdienst wegen seines humanitären Engagements großes Ansehen in aller Welt. Auch die Johanniter Unfallhilfe, eine preussisch-protestantische Abspaltung, ist international in der Katastrophen- und Flüchtlingshilfe engagiert.