Die älteste Kultstätte des maltesischen Archipels liegt gleich am Ortseingang unterhalb der Hauptstraße (Richtung Victoria) in Xaghra auf der Insel Gozo. Der Tempelkomplex von Ggantija gilt als sehr gut erhaltene und eindrucksvolle überirdische Kultanlage aus der Jungsteinzeit.
Der nur spurenweise erhaltene Skorba Tempel liegt in der Nähe der Straße nach Ghajn Tuffieha (ausgeschildert). Das Gelände ist eingezäunt und für Besucher nicht zugänglich. Ein Besuch muss vorher beim Archäologischen Museum in Valletta angemeldet werden.
Über einen Palttenweg erreicht man von Hagar Qim die Tempel von Mnajdra aus dem Jahre 3600 v. Chr. Sie besteht aus zwei nebeneinander liegenden Komplexen mit eigenen Eingängen. Die Außenmauern sind aus Korallenkalk und die Inneren mit weicherem Globigerinenkalk. Das Innere wird durch Trilith-Nischen und ein Fensterstein geprägt, womöglich ein Orakelloch.
Die Tarxien-Tempel befinden sich an der Straße von Valletta nach Zejtun in Tarxien. Inmitten moderner Bebauung liegen im Städtchen Tarxien, das nahtlos mit Paola zusammengewachsen ist, die eindrucksvollen Überreste der größten maltesischen Tempelanlage. Es ist eines der besterhaltenen Megalithbauten auf Malta. Sie besteht aus sechs Einzeltempeln, die in den Jahrhunderten zwischen 3800 und 2500 v.Chr. entstanden sind.
Die Höhlen Ghar Dalam befinden sich zwischen Tarxien und Birzebbuga, ca. 1 km vor Birzebbuga. Bei Ausgrabungen im 19. Jahrhundert stieß man auf Spuren von menschlichen Behausungen. Experten gehen davon aus , das auf Malta schon vor 7200 Jahren Menschen gelebt haben. In Ghar Dalam wurden diverse menschliche Knochen und Tonscherben gefunden.
In der Nähe der Ortschaft Qrendi liegt die steinzeitliche Tempelanlage Hagar Qim. Diese Anlage wurde in zwei Phasen ca. 2700 Jahre und 2. Phase ca. 3500 Jahre vor Chr. erbaut.
Als Megalithkultur bezeichnet man eine jungstein- und bronzezeitliche Epoche, in der Großsteinbauten wie Dolmen, Menshire, Tempel und Gräber aus riesigen, weitgehend unbehauenen Steinen errichtet wurden, denen kultische Bedeutung zukam.
Das Hypogäum von Hal Saflieni in Paola ist Maltas wohl erstaunlichstes Bauwerk. Es ist die einzige vollständig erhaltene Kultstätte aus der Jungsteinzeit, also aus einer rund 5000 Jahre zurückliegende Zeit.
Auf einer Grundfläche von 500 m² sind drei Geschosse bis zu 14m tief aus dem Fels herausgearbeitet worden. Man findet Gänge und Hallen, Kammern und Nischen, Stufen und Reste von Wandmalereien.
